MII Core Data Set - Terminology associations

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MII Core Data Set - Terminology associations

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SNOMED CT

( )

LOINC

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Meta:

Rubric:

Value Set Association

/
-

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Identifier Association

Concepts

true50

Terminology associations

Code	Display Name	Codesystem	Equivalence
260769002	Materials (substance)	SNOMED Clinical Terms	-- not-set --

Bioprobendaten

Id mide-dataelement-72 Version 2018-06-06 06:26:44

Status Draft Version Label

Description

Das Erweiterungsmodul Biomaterialdaten enthält Beschreibungen zu in Biobanken gesammelten Bioproben wie Probenart, Probenqualität etc.

Source

Konkretisierung des Inhalts

Bioproben werden prospektiv in Form von krankheitsspezifischen sowie populationsbezogenen Biobanken gesammelt. Sowohl die übergeordnete Biobank als auch die individuellen Proben müssen für eine sinnvolle Verwendung strukturiert beschrieben werden. Relevante Merkmale zur Probensammlung umfassen unter anderem die abgedeckten Krankheitsbilder, Probentypen, Mengengerüste und Zugangswege (hierbei handelt es sich um Metadaten). Probenspezifische Daten sollten Angaben zu Probentyp, Probenmaterial, Menge, Gewinnung, präanalytischer Verarbeitung (inkl. Aliquotierung, Pooling) und Lagerung enthalten. Klinische Daten zur Probe werden ausdrücklich nicht von diesem Modul abgedeckt, sondern sollten über die für die jeweilige Datenart vorgesehenen Modulen bereitgestellt werden.

Rationale

Begründung der Zuordnung im Kerndatensatz

Die Sammlung von Biomaterialien nimmt einen zunehmenden Stellenwert für die medizinische Forschung ein. Die standardisierte Charakterisierung der Sammlungen, Proben sowie ihrer Gewinnung und Verarbeitung stellt hierbei eine wesentliche Voraussetzung für die erfolgreiche Verwertung dar. In sowohl nationalen (z.B. German Biobank Node) als auch internationalen Projekten (z.B. BBMRI ERIC) werden entsprechende Standards und Infrastrukturen weiterentwickelt und disseminiert.

Comment

Vorschlag zum Vorgehen

Gemeinsames Planungsprojekt mit GBN/GBA (und damit in Verzahnung zu BBMRI), in Anknüpfung an das dem NSG vorliegende “White Paper ‘Biobanking in der Medizininformatik-Initiative’” von GBN/GBA, TMF-AG BMB und DZG, um einen im Bereich der Medizininformatik-Initiative nutzbaren verbindlichen Basisdatensatz zu Probenverfügbarkeitsinformationen und Probenbeschreibungsdaten abzustimmen.

Zielzeitraum: Beginn zum Start der Aufbauphase (I+II/2018). Ggf. vorher gemeinsamer Workshop aller Initiativen (in IV/2017 - z.B. in Anbindung an das Nationale Biobankensymposium - oder in I/2018).

Stufe: 3

Operationalization

Vorschläge für die Strukturierung und Codierung

Für die Charakterisierung von Einzelproben sowie ihrer präanalytischen Verarbeitung steht darüber hinaus der SPREC (Standard PREanalytical Code) zur Verfügung. SPREC beschreibt für jede Probe die Probenart und präanalytische Qualität in folgenden Datenelementen (mit standardisierten Wertelisten):

type of sample (3 digits)
fluid biospecimens:

type of primary container (3 digits)
precentrifugation delay and condition (1 digit)
centrifugation (1 digit)
2nd centrifugation (1 digit)
postcentrifugation delay (1 digit)

solid biospecimens:

warm ischemia time (1 digit)
cold ischemia time (1 digit)
fixation / stabilization type (3 digits)
fixation time (1 digit)

(Long-term) storage conditions (1 digit)

Zumindest eine Auswahl dieser kodierten Probenbeschreibung könnte mit Patienten- oder Fallbezug standardisiert in den Kerndatensatz übernommen werden (z.B. type of sample, storage conditions, evtl. Type of primary container bzw. fixation/stabilization type). Voraussetzung wäre eine verbindliche Festlegung aller Biobanken (z.B. über GBN/GBA oder TMF-AG BMB), alle Proben einheitlich über SPREC zu beschreiben und diese Informationen über Schnittstellen zur Verfügung zu stellen.

MIABIS (Minimum Information About Biobank data Sharing) stellt Strukturen für die Charakterisierung von Probensammlungen und Studien zur Verfügung (MIABIS CORE). Weitergehende Strukturen z.B. zur Beschreibung von Einzelproben befinden sich innerhalb von MIABIS zur Zeit in Entwicklung. Dieser Standard fällt damit aktuell (noch) in den Bereich der Metadaten.

Terminology Association

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260769002	Materials (substance)	SNOMED Clinical Terms

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-

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Usage (1)

Transaction	Cardinality / Conformance	Project
MI-Datensatz	1…1 Required	MII-Kerndatensatz

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Issues (0)

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About/Legal